1873（明治06年）　このころベースボールが伝えられる（諸説あり）

1881（明治14年）　成医会講習所開設（東京慈恵会医科大学の前身）

1894（明治27年）　中馬庚（ちゅうま・かなえ）により“野球”と訳される

1901（明治34年）　校友会（現在の学生会のようなもの）が学校公認の機関として発足。同時に校友会所属の機関として、「ベースボール（現在の硬式野球部）」・「フートボール（現在のサッカー部）」が設置され、それぞれに必要な用具・機械が用意された。当初の主な活動は秋の学内試合が中心。なお、同じ年に野球部が創部された大学は、北海道大学・早稲田大学がある。

※ちなみに、慈恵サッカー部の1907年（明治40年）に東京師範学校（現筑波大学）との対外試合は、現行ルールの1試合90分で行われた試合の中で日本最古のものとして有名

1902（明治35年）　

1921（大正10年）　大学令により大学として認可（東京慈恵会医科大学）

1925（大正14年）　春の医歯薬野球リーグ（5月10～18日　尾久球場）　４勝２敗で２位
　　　　　　　　　　　　秋の医歯薬野球リーグ（トーナメント戦？　尾久球場）　
　　　　　　　　　　　　決勝戦で東歯（東京歯科大学？）に破れ２位

1926（大正15年）　春の医歯薬野球リーグ（5月9日～　品川八つ山下グランド）　２勝４敗

1927（昭和02年）　初代野球部部長として、松崎（松山？）博士を迎える。
　　　　　　　　　　　　予科野球部部長は神宮球場設立者の一人であった蘆田公平教授

1934（昭和09年）　第1回京都府立医大対抗戦　
　　　　　　　　　　　　　当時は予科同士の対抗戦
　　　　　　　　　　　　　場所は東調布町千鳥が丘（現在の大田区久が原町）の予科
　　　　　　　　　　　　　会期　昭和9年11月15～17日

1943（昭和18年）　太平洋戦争により東都大学リーグ中止（～1945）

1946（昭和21年）　再開間もない東都大学野球連盟に加盟。東都大学野球二部秋季リーグにて1位　一部昇格

1947（昭和22年）　春季リーグ戦で一部３位も、秋季６位となりプレーオフへ（東京工業大学）。その結果二部転落。これを期に翌年春から東都大学野球脱退し医科大学リーグに参入。

1958（昭和33年）　東日本医科学生総合体育大会（第１回東医体）始まる

1969（昭和44年）　準硬式野球部が同好会として発足。その後まもなく部に昇格

1971（昭和46年）　第14回東医体　硬式野球部門優勝

1974（昭和49年）　第17回東医体　硬式野球部門優勝

1991（平成03年）　第34回東医体　硬式野球部門優勝

1995（平成07年）　関東医科大学リーグ春季リーグが、10チーム（当時）総当り戦から二部制へ
　　　　　　　　　　　　　一部５校、二部５校

1996(平成08年）　京都府立大学硬式野球部（京滋リーグ二部）が人数不足（7人）の為休部
　　　　　　　　　　　　　京都府立対抗戦（京府戦）硬式野球部門なくなる

1999（平成11年）　独協医科大学硬式野球部、関東医科大学リーグに参加
　　　　　　　　　　　　　11チームとなり　一部５校、二部６校
　　　　同　年　　　　 関東医科大学リーグ春季入替戦にて日本医大に勝利
　　　　　　　　　　　　　次年度春からの一部昇格決める。

2000（平成12年）　関東医科大学リーグ春季一部5位　2部転落（日程の都合により入れ替え戦なし）

2001（平成13年）　創部100周年

2004（平成16年）　東京医科歯科大学野球部、リーグに参加（12チーム、1部6チーム　2部6チームとなる）

2007（平成19年）　関東医科大学野球野球二部にて優勝。一部6位の昭和大学との入れ替え戦にて勝利し平成20年からの一部昇格をきめる。